El 14 de febrero del 2020, el Contralor General de la República, Camilo Benítez Aldana remitió a la Fiscalía General del Estado, el primero de los tres informes de los presuntos hechos punibles detectados en la administración de Francisco “Nene” Chávez, intendente del distrito Colonia Independencia, departamento de Guairá.
Según las conclusiones llegadas por el órgano contralor, en el 2015 hubo un faltante de G. 180.290.000 en concepto a transferencias al sector privado, es decir a comisiones vecinales, entes deportivos, cañicultores entre otros, sin ninguna rendición de cuentas, además G. 388.290.000 por un perjuicio en obras públicas. Por último, G. 208.000.000 por falta de rendición en uso combustibles.
Es decir qué en el 2015, el presunto perjuicio patrimonial a las arcas de la Municipalidad de Colonia Independencia fue de G. 776.580.000.
El 20 de febrero del 2020, la Contraloría General de la República remitió el segundo informe a la fiscal general de Estado, Sandra Quiñonez, con respecto a los presuntos hechos punibles detectados en la administración de Francisco Chávez al frente de la municipalidad de Colonia Independencia en el periodo 2017.
Según el informe de la Contraloría, el perjuicio patrimonial durante ese periodo fue de G. 917. 951.378, en concepto de uso de combustibles y lubricantes, manejo del almuerzo escolar y la transferencia de capital a comisiones vecinales.
El 6 de junio del 2020, la Contraloría General de la República envía un último informe al Ministerio Público sobre los presuntos hechos punibles detectados en la municipalidad Colonia Independencia, administrado por Francisco Arnaldo “Nene”, Chávez, del ejercicio 2016, pero detectados recién en el 2019, en la que se descubrió un posible daño patrimonial de G. 1.741. 524.734.
En la auditoría realizada por la Contraloría se detectaron faltantes en Construcciones, con el fondo del Fonacide y Royalties, Combustibles y Lubricantes, con fondos de Royalties, Transferencias para capital privado, entre otros.
Según la auditoría realizada por la Contraloría General de la República a la administración de Francisco Arnaldo Chávez, al frente de la municipalidad de Colonia Independencia, Guairá, en tres años hubo un presunto perjuicio patrimonial de G. 3.436.056.112, entre 2015, 2016 y 2017.